Trước hết là việc phân cấp cho ủy ban nhân dân cấp tỉnh và Ban quản lý KCN, KCX, KCNC và KKT (sau đây gọi là ban quản lý) cấp Giấy chứng nhận đầu tư cũng như quản lý hoạt động đầu tư, đồng thời giảm bớt những dự án phải trình Thủ tướng Chính phủ. Trừ mốt số dự án quan trọng chưa có trong quy hoạch hoặc chưa quy hoạch. Những dự án đã có trong quy hoạch được duyệt và đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật và điều ước quốc tế thì UBND cấp tỉnh và Ban quản lý cấp Giấy chứng nhận đầu tư mà không phải trình Thủ tướng Chính phủ quyết định chủ trương đầu tư. Các dự án còn lại sẽ do UBND cấp tỉnh và Ban quản lý tự quyết định và cấp Giấy chứng nhận đầu tư.
Dự án đầu tư không nằm trong quy hoạch đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt; ủy quyền phê duyệt hoặc không đáp ứng điều kiện mở cửa thị trường quy định tại điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên, thì cơ quan có thẩm quyền chủ trì, lấy ý kiến Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các cơ quan có liên quan trình Thủ tướng Chính phủ quyết định việc điều chỉnh, bổ sung quy hoạch hoặc quyết định mở cửa thị trường. Dự án đầu tư thuộc lĩnh vực chưa có quy hoạch, thì cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư lấy ý kiến của các cơ quan có liên quan trình Thủ tướng Chính phủ quyết định chủ trương đầu tư.
Thủ tục đầu tư được thiết kế đơn giản và thuận lợi cho các nhà đầu tư. Theo đó, dự án được phân chia thành hai loại: đăng ký đầu tư và thẩm tra đầu tư.
Đối với dự án đầu tư trong nước dưới 15 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc lĩnh vực đầu tư có điều kiện thì nhà đầu tư không phải làm thủ tục đăng ký đầu tư và cũng không cấp Giấy chứng nhận đầu tư. Dự án đầu tư trong nước có quy mô đầu tư từ 15 tỷ đồng Việt Nam đến dưới 300 tỷ đồng Việt Nam mà không thuộc lĩnh vực đầu tư có điều kiện, nhà đầu tư đăng ký đầu tư theo mẫu trước khi thực hiện dự án mà không cần phải có Giấy chứng nhận đầu tư, trường hợp nhà đầu tư có nhu cầu, cơ quan nhà nước quản lý đầu tư sẽ cấp Giấy chứng nhận đầu tư.
Đối với dự án đầu tư nước ngoài có quy mô vốn dưới 300 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc lĩnh vực đầu tư có điều kiện, nhà đầu tư chỉ cần đăng ký đầu tư theo mẫu để được cấp Giấy chứng nhận đầu tư trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày nhận bản đăng ký hợp lệ.
Dự án thuộc diện thẩm tra áp dụng chung cho cả đầu tư trong nước và đầu tư nước ngoài, theo đó, các dự án thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện hoặc dự án có quy mô vốn từ 300 tỷ đồng Việt Nam trở lên thì phải làm thủ tục thẩm tra đầu tư. Nôi dung thẩm tra chỉ bao gồm: Sự phù hợp với quy hoạch kết cấu hạ tầng - kỹ thuật, quy hoạch sử dụng đất, quy hoạch xây dựng, quy hoạch sử dụng khoáng sản và các nguồn tài nguyên khác; nhu cầu sử dụng đất; tiến độ thực hiện dự án; giải pháp về môi trường. Riêng đối với dự án thuộc danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện thì chỉ thẩm tra các điều kiện mà dự án phải đáp ứng.
Nhà đầu tư nước ngoài lần đầu đầu tư vào Việt Nam phải có dự án đầu tư. Trường hợp đã thành lập tổ chức kinh tế mà có nhu cầu thực hiện dự án đầu tư tiếp theo thì không phải thành lập tổ chức kinh tế mới. Đối với đầu tư trong nước thì khi thành lập tổ chức kinh tế không cần phải có dự án. Đây là điểm khác biệt giữa đầu tư trong nước và đầu tư nước ngoài, vì đầu tư nước ngoài cần phải thực hiện theo lộ trình mở cửa thị trường trong các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
Thực hiện cải cách hành chính đối với hoạt động đầu tư, Nghị định quy định trường hợp dự án đầu tư gắn với việc thành lập tổ chức kinh tế thì thủ tục đầu tư được làm đồng thời với thủ tục đăng ký kinh doanh. Trong Giấy chứng nhận đầu tư phải bao gồm cả các nội dung đăng ký kinh doanh theo quy định của Luật Doanh nghiệp. Trường hợp này Giấy chứng nhận đầu tư đồng thời là Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.
Về việc điều chỉnh dự án đầu tư, Luật Đầu tư và Nghị định 108 quy định: Khi điều chỉnh dự án đầu tư liên quan đến mục tiêu, quy mô, địa điểm, hình thức, vốn và thời hạn thực hiện dự án đầu tư, nhà đầu tư phải làm thủ tục tại cơ quan tiếp nhận hồ sơ để làm thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đầu tư. Thủ tục điều chỉnh dự án đầu tư được thực hiện theo quy trình đăng ký điều chỉnh dự án đầu tư hoặc thẩm tra điều chỉnh dự án đầu tư…